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Una notte, un’astronave atterra in una foresta della California. Da essa escono un gruppo di alieni. Tuttavia alcuni agenti del governo notano l’astronave e si avvicinano, costringendo gli alieni a partire, questi però lasciano involontariamente uno degli alieni sulla Terra.
A Los Angeles, Elliott, un bambino di 9 anni, esce di casa per ritirare la pizza e sente degli strani rumori provenire dal giardino. Allora va a controllare e scopre l’alieno. Nonostante la famiglia non gli creda, il ragazzo lascia delle caramelle per attirarlo a sé, cosí nasconde l’alieno in camera sua. Mentre l'extraterrestre resta in casa da solo, Elliott a scuola inizia a sperimentare una connessione psichica con l'alieno. Per esempio, quando l'essere beve tutte le birre in frigo e si ubriaca, Elliott in classe perde il controllo e libera tutte le rane durante la lezione di dissezione.
Ma E.T. inizia ad avere nostalgia del suo pianeta natale e quindi Elliott veste l’alieno da fantasma, lo porta nella foresta dove riesce a mandare un messaggio ai suoi simili. Però il mattino seguente Elliott si sveglia e nota la mancanza di E.T. Allora implora il fratello Michael di aiutarlo a trovare l’alieno. Michael trova l’extraterrestre morente vicino a un fiume e lo porta dal ragazzo anch’esso sul punto di morire. La connessione tra i due sparisce quando E.T. muore. Ma la storia non finisce qui...