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In una foresta della California, un gruppo di alieni preleva campioni di vegetazione. Gli agenti del governo U.S.A appaiono e gli alieni fuggono a bordo della loro nave spaziale, lasciando indietro uno di loro.
In una casa suburbana di San Francisco, Elliot, un bambino di 9 anni, fa il domestico per suo fratello maggiore Michael e gli amici di quest'ultimo. Quando esce a prendere la pizza, Elliott scopre l'alieno, che fugge. Nonostante la famiglia non gli creda, il ragazzo lascia dei dolcetti nella foresta per condurre l'alieno da lui. Una sera l'extraterrestre fa visita a Elliott, consegnandogli i dolcetti, e questi, entusiasta, nasconde l'alieno, per non farlo vedere alla famiglia.
La mattina successiva finge di avere la febbre per poter restare a casa e studiare meglio lo strano visitatore. Nel pomeriggio Michael e la loro piccola sorellina, Gertie, incontrano l'alieno. Decidendo di tenere la creatura e i ragazzi iniziano a chiedergli informazioni sulla sua origine, l'alieno risponde facendo levitare delle palline di pongo, rappresentanti il sistema solare e mostra i suoi poteri facendo rivivere una pianta morta.
Mentre l'extraterrestre resta in casa da solo, Elliott, a scuola, inizia a provare una connessione psichica con l'alieno che i ragazzi nominano E.T.; E.T. esprime il desiderio di tornare a casa. Elliott e il fratello procurano all'alieno il materiale affinché riesca a costruire un dispositivo che lo metta in comunicazione con la famiglia. Michael inizia a notare che la salute di E.T. sta peggiorando e che Elliott si riferisce a se stesso come "noi". Ad Halloween i tre vestono E.T. come un fantasma cosi da poterlo far uscire di casa. Elliott accompagna l'alieno fino alla foresta, dove E.T. riesce a mandare con successo un segnale al suo pianeta natale. Il mattino seguente, Elliott si sveglia notando l'assenza di E.T. e ritorna a casa, angosciato. Michael trova E.T. morente nella foresta e lo porta da Elliott, anche lui in punto di morte.
Gli scienziati costruiscono una struttura medica in casa, mettendo in quarantena Elliott ed E.T. La connessione tra i due sparisce nel momento in cui l'extraterrestre muore improvvisamente. Il ragazzo sta per dire addio all'amico, quando nota che il fiore nel vaso di Gertie sta tornando in vita...